La difficulté c'est de faire une distinction entre ce qui reste une limitation brute et qui peut être remis au goût du jour et ce qui était un choix de game design.
Je trouve que le remake prend trop de liberté avec beaucoup d'éléments de l'original, ne parvenant pas à distinguer ce qu'ils pouvait changer et ce qu'il devait conserver.
Quand tu crées, il n'y a pas de justification a posteriori, tout est fait pour une bonne raison, que ce soit une expression consciente ou inconsciente de tes opinions au travers de l'acceptation ou du dépassement des contraintes.
Dans la première catégorie, tu peux classer sans problème le level design très linéaire pour un Metroid et les combats rudimentaires, mais de l'autre, je comprends le repositionnement de Samus au cœur de la lucarne et un changement des proportions vers un sprite plus détaillé que Metroid comme une volonté de mettre Samus au premier plan, et non SR88 qui demeurait très dépouillée, à l'opposé de la Zebes, personnage à part entière de Metroid et Super Metroid.
Justement c'est une descente aux enfers pour Samus, qui massacre tous les Metroids, jusqu'à la fin où elle renonce à sa mission (culpabilité, horreur) et ouvre la voie à une autre solution optimiste et pacifique.
L'aspect antimilitariste est au contraire très fort pour moi : la fédération galactique répond par empressement par la destruction.
La fin de Metroid 2 c'est clairement une remise en question de la légitimité de cette décision en privilégiant la recherche de compromis (le metroid est finalement apprécié pour ses capacités).
J'y vois une métaphore de la transition du Japon vers le nucléaire. Traumatisé par les bombes atomiques, le Japon tente de refermer ses plaies en domestiquant l'uranium pour un usage de production énergétique.
Tu as tout à fait raison pour la vision écologique. Les conséquences de l'éradication des metroides déstabilise la faune de SR88 et permet le retour du parasite X, ce qui est d'ailleurs très subtilement indiqué à la fin de Samus Returns (gros sabots, toussa).
Mais pour revenir au nucléaire et au second message écologique, la Metroid Team nous dit : attention, cette espèce (de synthèse)/cette technologie, même domestiquée, représente un danger si elle est entre de mauvaises mains/mal contrôlée .
C'est le propos de Metroid (mauvaises mains) et de Super Metroid (perte de contrôle).
Je ne dis pas que j'ai la réponse, juste que j'y vois beaucoup trop d'éléments concordant pour que l'on puisse négliger cette approche que je trouve très intéressante.