Pour Mod Organizer, il faut bien penser que celui-ci un répertoire DATA "virtuel" avec tous les mods dedans. Aussi pour interagir avec ce répertoire "virtuel", il faut systématiquement lancer tous les executables (SKSE, Wrye bash) via MO.
Pour les patchers de type reproccer, automatic variant c'est la même chose SAUF que pour qu'il fonctionne correctement, tu les installes physiquement d'abord dans le dossier de Skyrim et pas par MO. Une fois fais, tu relance MO, et tu vas dans l'onglet DATA (le fameux répertoire virtuel). MO prends en compte les donnée du DATA réel et virtuel et les combine en donnant la priorité à MO.
Dans ce répertoire (Onglet DATA dans MO) tu vas retrouver tous les .esp, les dossiers textures, mesch, etc et ton dossier skyproc dans lequel tu vas avoir reproccer.jar à lancer. Tu peux aussi directement créer le raccourci. Et la tu le lances dans MO. Normalement, il va te trouver ton répertoire DATA virtuel et patcher correctement.
Pour moi, je fais ça après chaque MAJ de mods (1* par semaine ... faut pas déconner non plus) :
Via MO, je lance :
1 BOSS
2 Réorganisation des mods non classés car non connus : je les déplace tous au dessus du bashed patch de Wrye basch.
3 Vérification que les patchers sont bien placés après le bashed patch: 1 Automatic Variant 2 reproccer 3 les patchs pour reproccer.
Par ex :
mod 1.esm
mod 2.esm
mod 1.esp
mod 2.esp
mod 3.esp
bashed patch.esp
automatic variant.esp
reproccer.esp
patchreproccer.esp
4 Lancement de Wrye Bash
5 BD souris sur le bashed Patch, et "rebuild patch" ---> Permet de fusionner toutes les levels lists
6 Une fois fais (environ 325 modifications dans le patch) je quitte Wrye Basch
7 Je lance via MO SOIT Automatic Variant PUIS Reproccer SOIT juste SUM qui va patcher tout le monde de lui même. (ATTENTION dans certains patcher, l'option d'utiliser BOSS est activée --> La désactiver impérativement si on a des mods non classés)
8 Je lance Skyrim SKSE via MO
Pour info, dans le cas ou on a des problèmes avec un ou des patchers, ne pas hésiter à aller voir le dossier Overwrite dans le dossier d'install de MO. Celui-ci regroupe les fichiers créer par ces patchers. On peut les effacer pour reprendre à 0 le patch. Utile dans le cas de MAJ de reproccer par exemple.
Voila après pour l'install des mods via MO, il faut fouiller un peu. Perso je télécharge manuellement les mods dans un dossier reconnus par MO. Du coup, ils apparaissent automatiquement dans l'onglet downloads. A partir de la, BD souris dessus puis "query info" pour récupérer leur identifiant sur le nexus. puis je les installe. Si il y a une ancienne version avec le MEME nom, j'écrase l'ancien mod avec "replace". Si c'est juste une MAJ de certains fichiers utiliser l'option "merge".
Puis après il faut penser à les trier. Perso en 1, 2 , 3 ,4 j'ai mis les unnofficial patch puis les gros mods de textures suivi des mods de textures divers, animations, gameplay, ... On peut utiliser le STEP comme base pour l'ordre de tri des mods.
Au final, dans le dossier de Skyrim, je n'ai installé que SKSE, un ENB et les patchers.
Voila en gros pour l'utilisation de MO via la façon dont je l'utilise.