Pour Beppu, non ça ne vaut pas le coup d'y aller juste pour les enfers selon moi.
L’intérêt de Kurokawa onsen, c’est aussi d'y chiller en yukata une journée à enchainer les onsens dans des supers cadres (a la place de la virée sur Beppu?)
Dans ce que vous ratez, c'est vrai que c'est dommage de passer à coté de Miyajima/Hiroshima.
Personnellement je n'ai pas apprécié Kyoto plus que ça. A part le fushimi Inari (extra, mais à faire tréééés tot le matin, vers 7h au minimum). J’enlèverais bien du temps sur Kyoto à ton programme pour faire un stop à Miyajima, mais je sais que la plupart des gens adorent cette ville, donc...