Théoriquement c'est autorisé qu'à condition que tu puisses prouver que tu utilises "essentiellement" ta voiture à des fins professionnelles en France si tu te fais contrôler.
Note que le "essentiellement" vaut parce que l'Allemagne et la France sont dans l'UE.
Avec la Suisse c'est plus compliqué. Si tu habites en France, travailles en Suisse et as une voiture de fonction immatriculée en Suisse, tu dois pouvoir prouver si tu te fais arrêter en France que tu es bien en train de faire un trajet professionnel (et il y a de vrais contrôles là-dessus). Ce qui est ennuyant si tu habites en France... Ou alors il faut faire une double immatriculation de la voiture.
Dans le cas que tu décris je ne suis pas sûr de ce qu'il en serait pour des trajets persos en Suisse vu que tu n'y vis pas.
Bref, aucun problème pour utiliser ta voiture de fonction pour des trajets pro dans les 3 pays. Pour les trajets perso, a priori pas de problème en Allemagne, possible en France tant que tu prouves que tu utilises principalement la voiture pour des trajets pros (y compris domicile-travail), pas clair en Suisse (mais je pense que c'est OK tant que tu n'habites pas en Suisse).
https://europa.eu/youreurope/citizen...s/index_fr.htm