Covid 19 : Grippe vs Covid19 ! Qui a le plus gros R0 ?

[Seymos]

Je parlais du Covid 19 et pas de la malaria (ou paludisme).
Le mode de transmission est très différent.
Pour le paludisme, Pas vraiment besoin de maintenir son hôte vivant.



Si tu as des sources sérieuses, merci de partager.
Je ne suis pas virologue (mon QI est trop faible ) mais toute information est bonne à prendre.

Surtout que l'hôte du palu c'est pas l'homme il me semble, mais le moustique

[gougnaf]

Le moustique est le vecteur.

[kikrok]

Je parlais du Covid 19 et pas de la malaria (ou paludisme).
Le mode de transmission est très différent.
Pour le paludisme, Pas vraiment besoin de maintenir son hôte vivant.



Si tu as des sources sérieuses, merci de partager.
Je ne suis pas virologue (mon QI est trop faible ) mais toute information est bonne à prendre.

Je n'ai pas d'article à vous fournir directement. Je travaille dans un centre de génétique humaine qui a fait du séquençage du corona virus pour justement détecter les nouveaux variants au plus fort de l'épidémie. Des collègues de Bruges avaient détecté un nouveau variant qui prenait de plus en plus d'importance en Flandre lors du passage delta -> omicron et avaient rédigé un court article en y écrivant (entre autre) justement le fait que le virus allait devenir moins létal par sélection et les autres centres de génétique belges l'avaient recalé sur ce point précis.

Mais, même sans article ce point de vue me semble assez logique: quelle est la pression de sélection qui renforcerait la baisse de létalité (ou de sévérité des symptomes)?
Pour qu'une mutation devienne dominante, il faut soit qu'elle apporte un avantage à l'organisme, soit qu'il y ai une dérive génétique (en gros, le hasard)*. Dans le cas du covid, le fait que les symptomes soient moins graves n'a pas vraiment d'impact sur la possibilité du virus à se propager (en positif ou négatif).
A l'inverse, une mutation chez l'être humain qui rend l'infection moins sévère pourrait avoir un impact positif et donc pourrait être sélectionnée, mais ça ne se ferait que dans le temps long (en plusieurs générations(sss)) si le virus avait un réel impact sur les chances de reproduction de l'individu infecté. C'est ce qui pourrait être arrivé avec les différentes espèces du plasmodium (organisme responsable du paludisme) pour lesquelles il y aurait eu co-évolution entre hôte et parasite.

Bon, je suis bioinformaticien, pas généticien des populations ni virologue (et mes cours commencent à dater sur ces sujets) et mes réflexions viennent surtout de discussions avec des collègues. Je serais très heureux d'avoir quelqu'un qui peut rectifier/compléter mes dires.
Ceci dit, je vais quand même essayer de trouver une source ou l'autre histoire de pouvoir confirmer ça (ou l'infirmer et faire amende honorable)

*: enfin c'est la version simplifiée. J'ai du étudier ça en détail pour un examen, mais j'aurais du mal à expliquer clairement sans faire de l'archéologie pour retrouver mes cours...

[barbarian_bros]

La note de service indiquant l'ouverture des inscriptions pour la campagne de vaccination Grippe/Covid vient d'être diffusée dans nos services, on a jusqu'au 30 septembre pour s'inscrire.

A voir combien quel pourcentage du personnel en contact avec les patients va s'inscrire, l'an dernier le pourcentages d'inscrits pour la grippe n'était pas très haut, et pour le Covid c'était plutôt marginal.
Apparemment ils ont augmenté les contrôles sur l'injection :
-vaccination par le médecin ou l'IDE de la médecine du travail
-Si on ne peut pas être là sur les créneaux de vaccination (présence de la Médecine du Travail), possibilité de récupérer le vaccin antigrippe pour qu'une collègue IDE des services fasse l'injection (avec une traçabilité).
-Ils attendent confirmation pour savoir s'il y a possibilité pour le médecin/pharmacien-hygiéniste ou l'IDE hygiéniste de l'établissement d'administrer le vaccin Covid (l'an dernier c'était le cas).

[gougnaf]

Je n'ai pas d'article à vous fournir directement.

Dommage.

[Seymos]

Le moustique est le vecteur.

Ce que je veux dire c'est que le moustique n'est pas seulement le transporteur du parasite à l'origine du palu : il est indispensable dans la reproduction du parasite, puisqu'une des phases de développement ne peut se faire que dans le moustique, et pas chez l'homme.

[Nilsou]

Mais, même sans article ce point de vue me semble assez logique: quelle est la pression de sélection qui renforcerait la baisse de létalité (ou de sévérité des symptomes)?
Pour qu'une mutation devienne dominante, il faut soit qu'elle apporte un avantage à l'organisme, soit qu'il y ai une dérive génétique (en gros, le hasard)*. Dans le cas du covid, le fait que les symptomes soient moins graves n'a pas vraiment d'impact sur la possibilité du virus à se propager (en positif ou négatif).

Dans le fond ça me semble OK mais sur ce cas particulier le raisonnement me semble pécher par le fait que la société humaine va mener une résistance active contre un virus trop mortel et moins active voire nulle passée un seuil de non gravité. Le virus n'est pas en interaction avec une collection chaotique d'humains, mais avec des sociétés.
Le résultat n'est pas évident à l'échelle de la planète (puisque des zones y réagissent vivement et d'autres non) mais la logique comme ça voudrait que plus les sociétés réagissent vivement pour limiter la propagation d'un virus dangereux, plus ça favorise des variants peu dangereux, sur le moyen terme.

[kikrok]

Dommage.

Comme promis, j'ai rapidement cherché des articles sur les facteurs agissants sur l'apparition des variants du sars-cov2.

Pour commencer, un article de vulgarisation qui met en avant la cause principale:
https://theconversation.com/how-new-...s-cov-2-176030
Il ne parle que de la virulence et pas de la dangerosité.

Ensuite, une review qui parle de l'évolution plus dans le détail dans Nature communication:
https://www.nature.com/articles/s41579-023-00878-2

Le chapitre qui va nous intéresser est "The evolution of virulence". Voici le premier paragraphe de ce chapitre:

A popular and incorrect view on the evolution of virulence, frequently expressed in the context of SARS-CoV-2, is that in the long run, pathogens will tend to evolve to be decreasingly virulent121. The reasoning being that highly virulent pathogens will short-sightedly kill their host and inevitably perish with it. There are crucial flaws in this oversimplistic logic. First, it ignores the fact that the actual adaptive environment of viruses is not a single host but a population of hosts. For many pathogens, severe disease manifestations postdate transmission to a new host. SARS-CoV-2 tends to cause severe disease or death late, towards the third week post infection, whereas the infectious period usually spans from day 2 to day 15, with 90% of transmission already achieved before the average time of death. As long as a viral lineage successfully carries on transmitting further to multiple other hosts, the ultimate fate of the initial host will not substantially impact its fitness. In this situation, high virulence is not a fitness impediment for the virus and would not be selected against.

[Borh]

Aujourd'hui quasiment toute la population est forcément rentrée à un moment ou un autre en contact avec la SARS-Cov2 et une bonne partie de la population a été vaccinée. C'est normal que la mortalité et la morbidité aient fortement diminué.

Ce qui est frappant, c'est que le niveau de mortalité, même avec cette immunité collective, reste tout de même supérieure à la grippe. C'est probablement la nouvelle normalité.

[gougnaf]

Comme promis, j'ai rapidement cherché des articles sur les facteurs agissants sur l'apparition des variants du sars-cov2.

Merci pour le partage.
Lecture en cours.

[Papeyo]

Ce virus mute en permanence. Plus contagieux, moins létal, il y a une sorte de "logique" : se multiplier.

Il n'y a pas de logique dans les mutations, juste un biais du survivant

Aujourd'hui quasiment toute la population est forcément rentrée à un moment ou un autre en contact avec la SARS-Cov2 et une bonne partie de la population a été vaccinée. C'est normal que la mortalité et la morbidité aient fortement diminué.

Ce qui est frappant, c'est que le niveau de mortalité, même avec cette immunité collective, reste tout de même supérieure à la grippe. C'est probablement la nouvelle normalité.

Mortalité individuelle ou nombre de mort sur l'année ?

[OMar92]

Si vous vous demandez actuellement le petit non du variant qui est pas mal en activité c'est KP.3.1.1

Je veux bien qu'ils leur donne le nom qu'ils veulent, mais tout de même, lui donner le nom d'un enfant d'Elon Musk, c'est pas très charitable...

[Ek-ZutWar]

Une étude publiée jeudi identifie des espèces animales qui ont pu être des hôtes intermédiaires du virus : https://www.liberation.fr/sciences/b...OFRNYRTMTPYOI/

L'étude en question : https://www.cell.com/cell/fulltext/S...674(24)00901-2