Je ne me rappelle plus pour les portails, par contre pour les runes j'ai rencontré un petit problème qui pourrait expliquer ta mésaventure :
Quand tu consultes les runes disponibles pour un slot particulier, il se peut que cette rune soit déjà équipée dans un autre objet, et il me semble que le jeu ne te le précise pas. Donc si tu décides de l'installer, elle sera retirée automatiquement de l'objet dans lequel elle était initialement insérée.