Pas exactement. les lignes déficitaires sont subventionnées (le public comble le déficit mais les compagnies doivent être totalement transparentes sur les coûts, après vu que c'est le public qui détermine la desserte souhaitée, fréquence et capacités des trains, c'est logique que ce soit celui qui commande qui paye) par contre sur les lignes supposées rentables les compagnies se démerdent (donc si elles font des pertes c'est tant pis pour elles). Typiquement SBB Cargo est déficitaire et le public s'en branle, c'est à la compagnie de se réformer.
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Chaque compagnie gère ses infrastructures. La maintenance et la gestion du trafic sont financées par les prix des sillons (exemple CFF) que payent les compagnies qui empruntent le réseau (y compris la compagnie propriétaire de l'infrastructure en question, les infrastructures devant être gérées séparément conformément à la réglementation européenne) ainsi que des subventions étatiques. Les travaux d'agrandissement du réseau sont subventionnées car les besoins futurs sont définis en accord avec les autorités (ce sont elles qui décident quels coins elles veulent développer et qui anticipent les besoins futurs sur l'ensemble des modes de transport disponibles, pas que ferroviaire).
Je rappelle que les infrastructures ne doivent pas faire de bénéfice, elles peuvent donc être subventionnées sans distordre la concurrence.
C'est aussi pour ça que seules les lignes de service public déficitaires sont subventionnées et uniquement à hauteur du déficit (d'où l'obligation de transparence des coûts). Dès que ça touche un domaine concurrentiel (grandes lignes, frêt), il n'y a pas de subventions.