Bioinformatique

Bonjour les canards,

comment allez vous dans vos petits nids ? J'espère que les valises sont prêtes pour la migrations... Bon je stop le H.S.

Voila, on est en novembre je suis actuellement en 3ème année de licence de biochimie pur et dur B) . L'orientation en master approche jours après jours, nuits après nuits :O !

Pendant un petit moment, je pensais partir en agro-alimentaire mais la peur de me faire chié ou ma passion pour l'informatique et la biochimie/biologie me donnent grave l'envie de partir en bio-informatique (à Paris ou Rouen ou quelques parts d'autres en France, bien que l'anglais n'est pas un problème pour moi).

J'ai eu pas mal de témoignages pour l'agro (bon si c'est votre domaine et surtout si vous êtes en contrôle qualité, hésiter pas à me parler de votre taff et si il y a du taff ou si je vais galérer comme un dindon) donc je cherche des gens qui taff dans la bio informatique. (Sinon on parle aussi pas mal de gens diplômé en bio informatique / autodidacte qui bosse en info... Vous avez un avis dessus ?)

Pour me préparer à une possible rentrée en bio informatique, j'ai commencé à apprendre python avec coursera.org et le bouquin gratuit quand j'aurai fini avec coursera ( http://inforef.be/swi/python.htm ) ensuite je regarderais peut être celui du site du zéro si je peux compléter ma formation Python :p !

Merci d'avance à tous ce qui pourront m'aider =P !

Je ne voudrais pas dire de connerie, mais je pense que le côté informatiques est à rapprocher du côté maths appliqués.

Il te faudra également de la proba / statistiques dans la formation.

Je ne sais pas si c'est moi, mais j'ai l'impression que les bio-informaticiens aiment beaucoup les langages un peu de scipts donc python et R. Donc, python, c'est bien.

Sur lyon, il y a ça qui est très bien :
http://pbil.univ-lyon1.fr/members/mbailly/MIV.html

C'est pas la page officiel, mais tu trouveras pas mal d'information supplémentaire sur le site de ce mec.

Vraiment pas mal ton lien surtout qu'il y a des fichiers PDF, je pourrais bosser cette été pour préparer ma rentrée en douceur. Je ne vise pas trop Lyon mais plutôt Paris, j'aimerais découvrir la capitale :p .
Il y a un vrai côté informatique car il s'agit de développer des logiciels, je sais qu'après python/perl, il conseille d'apprendre Java/C l'histoire de faire de l'orienté objet ^^ . Mais pour commencer la programmation en partant de zéro, Python est vraiment pas mal car relativement "simple" (je suis au début des cours en même temps, je pense que par la suite mes deux neurones vont souffrir mdr).

Il est vrai qu'il y a parallèlement au programme info, un gros programme maths pour les statistiques et les probabilités ^^ . Beaucoup de master conseille de savoir le langage R (qui met totalement inconnu), je pense aussi l'apprendre par la suite, surement cette été ^^ . (il y a aussi un cours prévu en avril sur coursera dessus :p )

Maintenant, je me demande si niveau salaire c'est correcte, bien ou catastrophiquement bas =$ ... Ainsi que les conditions de travail, bref faut que je trouve un bioinformaticien pour me renseigner, voir contacté le prof qui a fait le site que tu m'as filé ;) .

up de la nouvelle année =S

Salut à toi,
Je suis en thèse en bioinformatique donc je peux probablement t'aider, même si je sais pas trop par où commencer. Peut être par présenter mon parcours qui ressemble pas mal au tiens
J'ai commencé avec une licence de bio (bio cellulaire et génétique moléculaire) et au moment de choisir un master, ma "passion" pour l'informatique m'a fait dévier vers la bioinfo. J'ai donc suivi le master de Rennes avant de décrocher assez facilement une thèse dans le domaine.
Alors ton questionnement porte sur quoi ? Le contenu des enseignements en bioinfo ? Les langages à connaitre ? Les débouchés ?

Pour les enseignements, globalement c'est un peu ce qui a déjà été dit... Je connais pas du tout le ou les master de Paris mais si tu viens de biologie, tu vas avoir une bonne remise à niveau en math, en stats et en info. Rien d’insurmontable, si tu est mathophobe, ça pourrait même te réconcilier avec les maths. Sinon globalement les programmes essayent de toucher à à peu près tous les domaines existants, les NGS, les réseaux biologiques, la programmation, etc.
Pour les langages à connaitre, c'est sûr que le perl et le python sont les deux principaux à apprendre pour commencer (enfin au moins un des deux) quand on vient de biologie. Après vu qu'on traite parfois des quantités de données monstrueuses (parfois plusieurs centaines de teras, on commence même à avoir des Peta de données.... Ce qui commence à poser des soucis pour le transfert des informations), le passage à l'échelle avec des langages de scripts est difficile, donc l'apprentissage de C ou C++ peut rapidement devenir nécessaire (je dis "peut" parce que c'est pas du tout obligatoire, surtout si tu viens de bio, on ne t'obligera jamais à révolutionner le monde de l'informatique). Moi personnellement je suis un grand fan du logiciel R et du langage associé, donc je ne pourrais que te conseiller de bien le maitriser.... Mais est-ce vraiment un langage de programmation, le débat reste ouvert.
Pour apprendre le python, à mon avis, le plus simple et le plus efficace, c'est de passer par le tuto officiel : http://docs.python.org/2/tutorial/ il est vraiment très bien fait.
Pareil pour R, pas besoin de payer quoique ce soit, tu trouveras quantité de cours géniaux en ligne. Par exemple les TDs de biostats de la fac de Lyon : http://pbil.univ-lyon1.fr/R/enseigne...ents=html/tdr1 . Il y a aussi le cours d'Emmanuel Paradis, beaucoup plus complet : http://cran.r-project.org/doc/contri...rdebuts_fr.pdf . Mais dans tous les cas, vas pas payer pour des cours alors qu'il y a 1000 excellentes ressources sur internet...
Pour les débouchés, le plus simple est de te dirigé vers la mailing list de la société francaise de bioinformatique ( http://www.sfbi.fr/ ), les archives sont en ligne et ça te donnera une bonne idée des nombreux postes qui sont disponibles en France ( http://listes.sfbi.fr/wws/arc/bioinfo ). Dans tous les cas, tu trouveras plus de boulot que si tu restes en biologie pure (enfin d'après mon expérience du moins). Tu peux aussi aller bosser dans le privé ou même monter ta boite plus tard, il y en a pas mal qui font ça.


Sinon, un lien qui pourrait bien t'être extrêmement utile, on a monté il y a un an, entre "jeunes" bioinformaticiens francophone, un blog qui essaye de toucher un peu à tous les domaines et où tu trouveras pas mal de réponses à tes questions... On y parle des formations qu'on a suivies, des différents domaines que l'on étudie, on y présente des petits conseils qui nous aident dans la vie de tous les jours, des revues d'articles, des revues de livres, etc etc. Il y a même un début de cours de R, vu que ça a l'air de t'intéresser (mais c'est vraiment les rudiments). Tu trouveras par exemple une présentation du master BIBS à Orsay, si la vie dans la capitale t'attire tant que ça (t'es fou ou quoi ???) : http://bioinfo-fr.net/presentation-d...orsay-paris-xi
Tu peux aussi nous rejoindre sur IRC, serveur Freenode, channel #bioinfo-fr . Il y a toujours du monde pour répondre aux questions et pour s'entraider.

Donc voilà, si tu as d'autres questions hésite pas. Mais je ne peux que te conseiller à fond d'aller dans ce domaine. Allez viens, tu verras on est bien. Bien, bien bien bien.
C'est vraiment un domaine en pleine explosion depuis une petite dizaine d'années, on a des nouvelles problèmatiques qui émergent tous les jours, les biologistes ne peuvent plus se passer de nous (bon, j'exagère un peu, mais à peine, sur ce point là), c'est vraiment passionnant comme domaine.

Ah, et autre chose que j'ai oublié. Si tu vas vraiment vers la bioinfo dans le domaine de la recherche (ou même si tu veux créer ta boite) va falloir assez rapidement maitriser Linux

Bravo pour la réponse slybzh, j'y ai même appris des choses intéressantes !

Bonsoir,

d'abord merci de ta réponse ;) , oui je me pose des questions sur les débouchés et la liste de postes sur sfbi me faisait halluciné donc je voulais être "sur" qu'elle est réelle. (Si on vous dit que c'est trop bien, il y a forcement un point noir).

Comme toi j'aimerais tenter la thèse pour faire IR ou MdC , mais d'abord le master xD . J'ai peur de pas être pris avec ma licence de biochimie =$ . Après, mon envie d'aller à Paris c'est parsqu'il y a plein de labo de recherche et que ma copine est technicienne / assistance ingé en laboratoire de recherche la-bas (même si son contrat touche à sa fin en aout), elle a peur de pas trouver du boulot ailleurs =$ . Puis niveau laboratoire pour trouver un stage, y a de quoi faire =$ . Comment c'est sur Rennes ? Et la vie sur Rennes ? C'est bien ? Les logements sont pas trop vieillot, car pour Paris c'est vraiment le truc qui me tente pas =$

Après je me demande niveau salaire et trouver son CDI en bioinfo, est ce que c'est chaud ? Pareil pour la thèse ?

Merci d'avance =)

Les postes de la SFBI sont 100% réels, oui. Mais tu remarqueras qu'il y a quand même énormément de CDDs...
Une licence de biochimie est largement suffisante pour tous les masters de bioinfo que je connaisse. Pas de soucis de ce coté là.

Rennes c'est génial comme ville, la vie y est superbe, l'ambiance géniale. Après le master a totalement changé l'année dernière donc je peux pas trop en parler. Mais il semblerait qu'il soit toujours très bien.

Trouver un CDI que ce soit en bioinfo ou ailleurs c'est forcément pas simple. Dans la fonction publique ça se fait en général sur concours, +/- biaisés.... Mais au final quasiment tous les gens qui le veulent y arrivent.

Bon par contre rennes 1 ça recrute pas des masses, ils ont gelés 60 postes ya pas un mois. Le CNRS sans doute plus.
Mais vu la gueule des finances ça sent de plus en plus le gros charclage dans les effectifs de contractuels.
Après, le master bioinfo a bonne reput.

En même temps il est en L3. Le temps qu'il fasse un master, une thèse, un ATER et deux post-docs, l'équipe aura été éclatée/regroupée/délocalisée deux fois de plus et les trois quarts des permanents seront partis ailleurs. Quant à prédire le nombre de postes qu'il y aura en 2020 dans telle ville, tel labo et telle équipe pour bosser avec untel, bon courage. (mais je peux hasarder un pronostic : 0)

Donc, ook4mi, si c'est la bio-info qui t'intéresse, va suivre le master. Sauf si c'est une voie de garage notoire, il vaut toujours mieux suivre une formation qui t'intéresse plutôt qu'une qui t'ennuie pour faire un boulot alimentaire.

Merci de toutes les informations, je continue mon apprentissage de Python et pour le moment je reste très sur ce langage car il est vraiment sympa et je pense (et on m'a dit) qu'il vaut mieux bien maîtriser un langage avant de vouloir en apprendre un autre. J'ai eu plein d'info sur le #bioinfo-fr sur freenodes. Bref, c'est vraiment ce que je veux faire (bon je fais quand même des dossiers dans d'autres masters que Bioinfo... juste au cas ou =$ ) et je viens d'apprendre que j'ai eu mon semestre 5 (bon sans mention, mais je l'ai eu donc on va pas dire non :P ).

Le master de Strasbourg me tente beaucoup car Java c'est un des langages que je rêve d'apprendre et il pousse beaucoup dessus, donc je dois les contacter pour voir si cela serait possible et si il me faut des lettres de recommandations :S . Je suis à un bon tiers du livre du zéro et j'ai une maître de conf de ma fac qui est responsable de la licence d'info qui m'aide un peu :P ! Elle m'a filé des TDs donc je bosse et cela avance. Strasbourg cela me tente aussi beaucoup car avec l'Allemagne toute proche, je me dis que je pourrais toujours tenter d'aller y faire un stage et que sur le CV cela serait simplement de la BOMBE ! :D

Les CDI sont pas faciles à décrocher mais bon, c'est vrai que cela soit en bioinfo ou même en aggroalimentaire, mais je suis d'accord avec toi Møgluglu, il faut faire ce que l'on aime . J'attend de voir la fin de mon futur M1 et en fonction de comment cela se passe, je ferais thèse ou pas thèse, bien que je redoute d'être "trop" diplômé après =$ .

J'ai décroché un stage dans le laboratoire de recherche de mon université, je vais travailler avec des outils de bioinformatique, le but étant de voir les enjeux et l'utilité des bioinformatiques quand on est "encore" biochimistes et la j'attaque le module de bioinformatique de ma fac ou on bosse avec surtout le site Swissprot et les outils genre Expasy pour aligner des séquences, rechercher dans les bases de données. (Pas de programmation dans le module).

Citation:

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Envoyé par ook4mi

Java c'est un des langages que je rêve d'apprendre

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http://forum-images.hardware.fr/images/perso/akt.gif http://forum-images.hardware.fr/imag.../3/javotte.gif http://forum-images.hardware.fr/imag...le%20deuce.gif

^_^ahaha ouais la même

Citation:

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Envoyé par mescalin

^_^ahaha ouais la même

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Mais pourquoi ? xD Je veux dire il semble très portable et quand on voit les différents programmes codés avec, il semble vraiment multifonction ;O

C'est bien pour apprendre à faire de l'objet, c'est clair.
Après pour l'utiliser en recherche..... Soit t'as besoin de grosse puissance de calcul et tu pourras pas te passer de C/C++, soit non et python te suffira.

Et pour le stage en Allemagne etc, ça sert à rien d'avoir le master proche de la frontière, si tu veux aller à l'étranger tu y iras, proche ou pas.

Le master de strasbourg est bien, je confirme :)

Edit: Juste pour répondre au dessus: Java est TRES utilisé en recherche, justement parce qu'il est portable et que dans la plupart des labos de bioinfo, on travaille sur toutes les plateformes (Win/Unix/Mac). Accessoirement, Java dans sa version EE est puissant et complet.

Si le master de Strasbourg est si bien que ça, vient lui faire de la pub en décrivant ta formation sur le blog bioinfo-fr :D
Et d'ailleurs, si tu veux partager un point précis de la bioinfo qui te tient à coeur, n'hésite surtout pas à passer sur le chan IRC (serveur Freenode, channel #bioinfo-fr ) on est toujours à la recherche de nouveaux auteurs :)

Bonjour,
Je suis en L3 Biochimie, biologie moléculaire à l'université de Nantes
Je souhaiterai savoir quel est le meilleur master de bioinformatique entre celui Nantes et celui de Bordeaux.
Le master 1 de Nantes regroupe bioinformatique et biostatistique alors que celui de bordeaux est beaucoup plus informatique. J'ai peur que celui de Nantes ne soit pas assez approfondi en informatique mais je ne sais pas si les biostatistiques (bien que présente à Bordeaux) sont "importantes".
Voila les 2 sites:
http://www.u-bordeaux1.fr/biologie/f...O&visu=contenu
http://www.masterbioinfo-nantes.fr/?page_id=51
Merci pour votre aide.

Citation:

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Envoyé par tuananh93

Bonjour,
Je suis en L3 Biochimie, biologie moléculaire à l'université de Nantes
Je souhaiterai savoir quel est le meilleur master de bioinformatique entre celui Nantes et celui de Bordeaux.
Le master 1 de Nantes regroupe bioinformatique et biostatistique alors que celui de bordeaux est beaucoup plus informatique. J'ai peur que celui de Nantes ne soit pas assez approfondi en informatique mais je ne sais pas si les biostatistiques (bien que présente à Bordeaux) sont "importantes".
Voila les 2 sites:
http://www.u-bordeaux1.fr/biologie/f...O&visu=contenu
http://www.masterbioinfo-nantes.fr/?page_id=51
Merci pour votre aide.

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Meilleur master ? Selon quels critères ? C'est vague, ne faisant que celui de Nantes (c'est déjà bien assez), il est dur de comparer ma vie de M1 et un master sur le papier. Envoie un message privé avec tes questions pour pas polluer mon topic de recherche de stage stp.

Bonjour, est ce que le Master 1 de bio informatique de Strasbourg est bien ? J'ai été accepté là-bas j'attends l'avis des autres universités. Concernant les débouchés est ce que c'est facile de trouver un travail ? Merci d'avance

Citation:

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Envoyé par Praehotec

Le master de strasbourg est bien, je confirme :)

Edit: Juste pour répondre au dessus: Java est TRES utilisé en recherche, justement parce qu'il est portable et que dans la plupart des labos de bioinfo, on travaille sur toutes les plateformes (Win/Unix/Mac). Accessoirement, Java dans sa version EE est puissant et complet.

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En général, Strasbourg+ info et Strasbourg + bio, c'est plutôt côté. Aucune raison que le combo ne le soit pas, donc.

Java reste un bon langage polyvalent, rigoureux, complet et portable. Pas forcément flexible et lisible, mais on peut pas tout avoir.
Par contre, son âge d'or est un peu fini depuis qu'on a compris qu'on ne lui ferait jamais cracher de perfs.
C'est quand même le langage classique de mon point de vue, même si je le connais très mal. En SSII, plus personne ne veut en faire, mais tout le monde le maîtrise; et il est très largement utilisé tout court.

Effectivement, son adoption en bioinfo est incontestable (e.g ImageJ, vade retro), tant par ses qualités que par inertie.
Mais C++ reprend ses billes sur les perfs, et le langage est devenu nettement moins abrupt depuis la refonte C++11. Pourtant, je pense que tu ne verras jamais de C en bioinfo. Du Python, par contre, ça risque (avec plein de libs qui wrappent des libs c++).

Citation:

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Envoyé par vectra

En général, Strasbourg+ info et Strasbourg + bio, c'est plutôt côté. Aucune raison que le combo ne le soit pas, donc.

Java reste un bon langage polyvalent, rigoureux, complet et portable. Pas forcément flexible et lisible, mais on peut pas tout avoir.
Par contre, son âge d'or est un peu fini depuis qu'on a compris qu'on ne lui ferait jamais cracher de perfs.
C'est quand même le langage classique de mon point de vue, même si je le connais très mal. En SSII, plus personne ne veut en faire, mais tout le monde le maîtrise; et il est très largement utilisé tout court.

Effectivement, son adoption en bioinfo est incontestable (e.g ImageJ, vade retro), tant par ses qualités que par inertie.
Mais C++ reprend ses billes sur les perfs, et le langage est devenu nettement moins abrupt depuis la refonte C++11. Pourtant, je pense que tu ne verras jamais de C en bioinfo. Du Python, par contre, ça risque (avec plein de libs qui wrappent des libs c++).

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Hé le tourvenis,

tu te prendrais pas pour une pelle à répondre à un message de 2013 ?

Amicalement,
le fossoyeur.