Les gens confondent aussi souvent les primes et les indemnités / frais remboursés. Les primes sont du salaire donc cotisables, là où les indemnités sont des remboursements de frais donc soumis à aucune cotisations (ex l'indemnité de panier).
Comme dit Nova, si tu paies des cotisations dessus c'est pris en compte pour la retraite (et pour la maladie / chômage), si tu ne cotises pas ça ne compte pas. Pour le coup, ce fonctionnement est assez logique.