Ben non, justement, car le logiciel en question donne une interprétation de l'aplatissement des transparences et des surimpressions, comme un RIP interprète le fichier pour le transformer en quelque chose de reconnaissable par la machine qui imprimera. Un Pdf n'est pas forcément aplati, c'est un agrégat d'images et de textes mais tous les éléments qui le constituent peuvent être démantelés un à un tant qu'il n'a pas fait l'objet d'un aplatissement, dans Illustrator par exemple. Rien n'empêche sa modification tant qu'il n'est pas aplati.
J'ai eu le cas avec un client qui lisait le Pdf que je lui envoyais sur un lecteur gratuit alternatif. Résultat, il ne voyait pas du tout la même chose que moi dans Acrobat. J'ai dû reprendre tout le fichier et bidouiller pour le faire correspondre à ce qu'il avait vu.