Le soucis de fileconverter, c'est qu'il va transcoder à nouveau l'audio et vidéo, alors que mp4 et mkv ce ne sont que des conteneurs : tu dois pouvoir le changer sans toucher au contenu (ça ira 1000 fois plus vite et cela évitera la perte de qualité due au transcodage).
ffmpeg peut peut-être le faire, à voir.
[edit] Vala : https://askubuntu.com/questions/3968...-to-mp4#396906
Code:
ffmpeg -i coincoin.mkv -codec copy coincoin.mp4
Pas testé, mais ça doit marcher.
Sinon en graphique il y a Handbrake.