Dans un avenir lointain, la Terre a subi des changements environnementaux drastiques. Pour une raison inconnue, des fuites de gaz empoisonné se sont échappées du sol, provoquant l’extinction de la majorité de la race humaine. Les survivants ont alors construit une énorme structure nommée Basel, tour gigantesque enfouie et mue par un système, Zenith, permettant de purifier l’air entourant l’édifice. Depuis, la civilisation a repris ses droits, bâtissant une ville autour de Basel elle-même. Afin de contrecarrer les maladies dues à la dégradation de l’atmosphère, la vie des habitants fut liée à des quartz ainsi qu’à Zenith, les protégeant du cancer et des mutations mais les obligeant à rester à l’intérieur de la ville, les condamnant à une existence formatée.
La population se remit à augmenter, forçant les habitants à bâtir de nouveaux étages à la tour qui finit par s’élever bien au-dessus de la surface. Les siècles passant, des hameaux, des villes voire des parcs d’attraction virent le jour afin que chacun puisse s’amuser comme au bon vieux temps. Mais Basel existait depuis si longtemps que les hommes finirent par oublier qu’il existait toujours un monde à l’extérieur de la tour. De nombreux secteurs de cette dernière étaient délabrés, laissés à l’abandon et infestés de monstres, sans que nul ne sache d’où ils venaient. Les responsables de cette négligence et de cet oubli sont probablement les Cardinaux, leaders politiques et religieux, organisant un culte voué à Basel et ses rouages mécaniques. Ils habitent de somptueuses villas, construites dans les niveaux supérieurs et sûrs de la tour, appelés le Chandelier.
Bien des années plus tard, le Prélat Frieda rêve d’un monde libéré de la contrainte des quartz. Elle souhaitait que chacun puisse contrôler sa propre destinée. De nombreux Cardinaux furent attirés par son charisme et ses idées, dont le Cardinal Rowen qui devint son ami le plus proche. La population la soutenait mais malheureusement, elle fut assassinée par des extrémistes.
Accablé par cette perte, le Cardinal Rowen plongea dans le désespoir. Découvrant les secrets de Zenith et comprenant son pouvoir sur la vie et la mort, il voulut s’en servir pour ressusciter son amour perdu. Il engagea alors un homme du nom de Sullivan, chargé de trouver un moyen de mettre son plan à exécution. Le scientifique se lança alors dans une série d’expériences sur 20 enfants, manipulant leurs quartz et constatant les effets sur leur longévité. Au final, chaque quartz fut programmé pour que les enfants meurent lors de leur anniversaire. Rowen et Sullivan pensaient qu’en contrôlant la mort, ils pourraient contrôler la vie. Même si le Cardinal n’approuvait pas complètement ces expérimentations, il était prêt à tout pour ramener Frieda à la vie.
Mais tout ne se passa pas comme prévu. Juris, un professeur chargé de l’éducation et des tests sur le sujet n°20, Leanne, se prit d’affection pour cette jeune fille et se sentit coupable de tout ce que lui et ses collègues avaient fait à ces enfants. Plutôt que de la tuer, il implanta le quartz de Leanne à l’intérieur de son corps, trompant le système et lui offrant la possibilité de choisir sa destinée.
Alors que le cancer décimait l’humanité, tous n’eurent pas leur place à l’intérieur de Basel et furent abandonnés à une mort certaine. Une immense majorité succomba mais certains survécurent en développant des mutations leur permettant non seulement de combattre la maladie mais également de vivre à la surface. Ces individus, correspondant à un nouveau stade de l’évolution, devinrent immortels et développèrent une haine viscérale à l’égard de Basel et de Zenith. Rebecca, une de ces rescapées vivant à l’extérieur, attaqua un jour la cité mécanique, tuant de nombreux habitants jusqu’à sa rencontre avec Vashyron.
Vashyron était un Chevalier de Zenith, béni par le système, lui octroyant une espérance de vie ainsi qu’une force bien supérieure à la normale. Ainsi, lors de l’attaque de Rebecca, Zenith protégea Vashyron et foudroya son opposant, brisant son âme. Elle fut recueillie par Sullivan qui y vit une formidable opportunité. En effet, ce dernier rêvait de vivre à l’extérieur de Basel. En étudiant la jeune fille et en reproduisant ses caractéristiques, ses gênes, il pourrait libérer les hommes une bonne fois pour toutes. De nouvelles expériences débutèrent, impliquant 20 enfants de plus, dont Zephyr, afin de créer des humains complètement indépendants du bon vouloir de Zenith.
Mais Zephyr, doté d’une puissance et d’une vitesse hors du commun grâce aux expérimentations, frustré de ne pas avoir son destin en mains, finit par rentrer dans une rage meurtrière, tuant tous les résidents du Séminaire où il vivait, scientifiques et enfants compris. Lorsqu’il réalisa les conséquences de son acte, le jeune garçon appela la mort de ses vœux et affronta volontairement Vashyron, qui le tua de deux balles dans la tête. Contre toute attente, Zenith sauva Zephyr, ce dernier décidant de continuer à vivre jusqu’à ce qu’il découvre les raisons qui avait poussé le système à l’épargner. Il forma alors une équipe de chasseurs de prime avec Vashyron.
Un an plus tard, Leanne, ignorant que son quartz était inséré à l’intérieur de son propre corps, tenta de se suicider avant la date annoncée de sa mort. Elle fut sauvée miraculeusement par Zephyr alors qu’elle se jetait dans le vide. Il venait de trouver sa raison de vivre. Zenith l’avait sauvé pour qu’il puisse prendre soin de la jeune fille.
Pendant ce temps, Sullivan parvint à contrôler Zenith ainsi que la vie et la mort à l’intérieur de Basel. Il intégra cet incroyable pouvoir dans la bague du Cardinal Rowen, ce qui entraîna chez lui une véritable crise de foi : cette puissance lui conférait le statut de Dieu. Si un humain pouvait contrôler Dieu, cela remettait en cause tous les fondements de ses croyances. Bien entendu, dans le plus grand secret, Sullivan continuait ses tests sur Rebecca. Chacun avait trouvé un moyen différent de réaliser l’utopie du Prélat Frieda : l’un en prenant le contrôle de Zenith, l’autre en quittant définitivement l’édifice.
Noël arriva, et à la suite d’une rencontre sur un pont, Rowen réalisa que Leanne était toujours vivante. Cela ne pouvait signifier que deux choses : soit il existait bel et bien un Dieu au-dessus de Zenith qui avait permis à la jeune fille de survivre, soit Sullivan lui avait menti et son contrôle sur le système n’était pas total. Le Cardinal se rendit alors chez le scientifique pour obtenir des réponses.
Arrivant sur place, il entendit Sullivan déclarer à nos trois héros que s’il venait à mourir, le quartz de Leanne serait détruit. Rowen tira alors sur lui pour prouver ou non l’existence d’un Dieu supérieur. Voyant sa raison de vivre disparaître, Leanne étant supposée trépasser dans un avenir proche, Zephyr jura de traquer le Cardinal et de le tuer. Bien entendu, chaque camp est trompé par Sullivan qui n’avait aucune idée de l’endroit où se trouvait le quartz de Leanne. Il souhaitait simplement que Rowen réalise son erreur en vénérant une divinité mécanique.
Rowen rassembla alors ses forces à la Basilique, attendant que nos héros viennent le débusquer et le tuer, mettant Dieu, s’il existe, au défit d’intervenir et de le renforcer dans sa foi. L’affrontement final déboucha sur une victoire du groupe de chasseurs de prime, Zephyr logeant une balle dans le cœur de Rowen. Grâce à son contrôle bien réel sur Zenith, le Cardinal survécut et ressuscita ses semblables, tombés peu avant sous les coups de nos héros. L’expérience avait réussi. Vashyron reconnut l’action de Zenith, identique à celle qui lui avait permis de survivre des années auparavant lors de l’assaut de Rebecca (la fameuse lumière rouge). Réalisant que poursuivre le combat serait futile puisque le Cardinal maîtrisait la vie et la mort, Vashyron, Zephyr et Leanne décidèrent de s’échapper de Basel.
Parallèlement à ces évènements, Rebecca brisa le quartz que Sullivan lui avait donné. Ce dernier lui avait en réalité confié son propre quartz, prouvant ainsi que sa seconde série d’expériences était également un succès. Sa vie n’était plus liée au bon vouloir de Zenith et il pouvait ainsi se rendre dans le monde extérieur en compagnie de sa protégée. Rowen réalisa ainsi que sa foi avait été mal placé et qu’il avait été bien fou de glorifier une machine telle un Dieu.
L’histoire se termine sur notre groupe de héros, marchant dans une plaine verdoyante, la Terre ayant pansé ses plaies, la teinte bleutée des yeux de Leanne nous montrant bien que son quartz est toujours à l’intérieur de son corps, et qu’il ne tient qu’à eux de vivre l’existence qu’ils auront décidée.