Selon comme c'est codé... oui, potentiellement.
Dans un FPS "humain", les personnages ont des vitesses qui sont proches les unes des autres, donc la distance a laquelle sont les elements qui sont susceptibles de percuter X dans un délai de, disons, une seconde, sont dans une zone limitée. Si ton moteur physique exploite ce fait, tu as moins de tests à faire - si la vitesse maximale est de 20m/s (un peu plus de 70km/h, tout de même) et que tu es en train de calculer avec un pas de temps de 0.5s, tout ce qui est à plus de 20m de X est assuré de ne pas percuter X (20m et pas 10m, parce que X aussi bouge). Si la distance typique est de, disons, 10m, ton calcul de collision avec d'autres joueurs va à 2 fois cette distance typique; tu vas avoir rarement le danger de collision avec un autre joueur: tu as donc principalement à calculer les collisions avec le décor - et quand le décor est invariable, ou pas trop variable dans le temps, ça se précalcule.
Dans un jeu spatial, on peut s'attendre à ce que les rapports de vitesses soient beaucoup plus grands: dans un dogfight, une collision est possible avec des éléments qui sont bien plus loin (par rapport à la distance typique, hein - on ne compare pas les vitesses elles-même entre le FPS classique et le spatial). Tu n'as pas (au moins pas dans l'espace) de décor, mais encore une fois, ce n'est pas forcément le décor qui pose problème.
À cela s'ajoute le fait que, dans l'espace, le volume de la sphère augmente comme le cube de son rayon; alors qu'en 2D (ou en 2D avec légers déplacements verticaux), le volume effectif n'augmente que comme le carré du rayon - donc ça amplifie encore l'effet "il faut regarder loin".
Alors évidemment, je ne sais pas comment les choses sont codées concrètement dans SC, ni dans un FPS classique - mais oui, il se peut que gérer 60 vaisseaux dans l'espace soit plus complexe que gérer 120 humains dans un FPS.
Ce qui ne veut pas dire que SC est bien fichu, ni que CIG n'a pas des problèmes d'optimisation de son code.