En fait pour être clair, tu dis à Windows "tu t'installes où tu veux, je te donne tout le disque" avec cette méthode.
Quand tu auras installé ton Windows, tu n'auras qu'une seule et unique partition C:// (+ une allouée au système mais Windows la créer tout seul sans rien dire).
Si tu ne les supprimes pas, tu interdis à Windows d'utiliser cette partie là (utile quand tu as des données sur un D ou un double système de type Linux/Windows)
Dans ton cas, le mieux est de tout viré pour partir sur une base saine.